מטרתו של ספר נפש החיים שער ד’ עם פירוש בלבבי משכן אבנה הוא, לברר מהו עניינה ומהותה של התורה הקדושה, ואת יחס חיבורו של ה’אדם’ לתורה הקדושה, בכל מדרגותיה.

“בירור הלב והשכל ביחס למניע לעסוק בתורה
נוסיף לבאר חלק נוסף, ביחס למניע האדם לעסוק בתורה. לקמן יתבארו בכללות שלושה חלקים הצריכים להניע את האדם לעסוק בתורה: א. עסק התורה לשם התורה עצמה. ב. עסק התורה על מנת לעשות נחת רוח לקב”ה. ג. עסק התורה למען כנסת ישראל, בבחינת “תורת חסד על לשונה”ה, וכן למען כלל כל הבריאה כולה.
מלבד שלושת החלקים הללו, ישנם מניעים נוספים שמחמתם האדם עוסק בתורה, כגון: ציווי ה’ שציוונו לעסוק בתורה – “אשר קדשנו במצותיו וצוונו לעסוק בדברי תורה”. וכן מצד העריבות שיש בתורה – “והערב נא”. או מצד קנאה תאוה וכבוד, או ח”ו לקנטר, שעליו נאמר שטוב לו שנהפכה שלייתו על פניו. כל אלו הם רק כללויות, והרי שישנם דקויות לפנים מדקויות במניעים לעסוק בתורה.
נמצא, שעל האדם לברר בירור בשורש עומק הנפש מה מניע אותו לעסוק בדברי תורה. אמנם, אם האדם לא בירר את לבבו ואת שכלו, כמו שנתבאר לעיל, הרי שהוא אינו יכול לברר לעצמו מה מניע אותו לעסוק בדברי תורה. הוא יכול לברר לעצמו מדוע צריךלעסוק בדברי תורה, אבל לא מדוע הוא עוסק בדברי תורה. הנפה”ח כותב את האמת מדוע צריך לעסוק בתורה, וכאן מתחילה עיקר עבודת הבירור שהאדם מברר את שכלו ומברר את ליבו. ולכן, הגם שכל עומק צורת הלימוד של דברי הנפה”ח בתחילה בנויה על ידיעת הדברים, אולם על גבה צריך בירור שהאדם מברר את שכלו ומברר את ליבו.” (עמוד טו’-טז’) “